Die Welt von Ao no Exorcist besteht aus zwei Dimensionen. In der Assiah genannten Dimension leben die Menschen und besitzen keine Vorstellung davon, dass noch eine zweite Dimension existieren könnte. Diese zweite, Gehenna genannte Dimension ist die Heimat der Dämonen unter der Führung von Satan. Satan ist zugleich der Vater des Protagonisten Rin Okumura (奥村 燐, Okumura Rin). Er soll dem Dämonenherrscher später als Wirt dienen. Beide Welten sind nämlich weitestgehend voneinander getrennt, sodass die Dämonen nicht direkt nach Assiah kommen können. Es ist ihnen jedoch möglich von Menschen, Tieren und selbst toten Lebewesen Besitz zu ergreifen. Dadurch sind sie in der Lage sie sowohl zu kontrollieren als auch zu verwandeln.
Rin verlor jedoch schon während seiner Geburt seine Mutter und wurde beim Priester und Exorzisten Shirō Fujimoto (藤本 獅郎, Fujimoto Shirō) groß. Dort wird er in dem Glauben aufgezogen ein gewöhnlicher Mensch zu sein. Sein Zwillingsbruder Yukio Okumura (奥村 雪男, Okumura Yukio) kam jedoch als gewöhnlicher Mensch auf die Welt und besitzt nicht die gleichen Fähigkeiten wie Rin. Dennoch besitzt auch er die Fähigkeit die Dämonen zu sehen. Da die gesamten Kräfte die Satan den Brüdern verlieh auf Rin überging sah sich Mephisto Pheles (メフィスト・フェレス, Mefisuto Feresu, ein Wortspiel auf Mephistopheles) gezwungen seine Kräfte, die sich als blaue Flammen äußern, in ein Katana zu verbannen. Das Schwert Kurikara versiegelte seine Fähigkeiten und erlaubte ihn ein nahezu normales Leben. Jedoch wurde er stets von Pech verfolgt, fühlt sich benachteiligt und ist das Taugenichts in der Familie.
Als er jedoch etwa 15 Jahre alt ist beginnt die Wirkung des Siegels nachzulassen und er sieht sich mit der Situation konfrontiert die Wahrheit seiner Herkunft zu erfahren. Im Zuge der Ereignisse wird sein Ziehvater Shirō von Satan getötet, der nun auf Rin aufmerksam geworden ist. Nicht so recht wissend wie es weitergehen soll und die Dämonen für den Tod seines Vaters verfluchend bittet er den alten Freund von Shirōs um Hilfe. Dies ist Mephisto, der Leiter einer Schule für die Ausbildung von Exorzisten. Er ist sichtlich überrascht und amüsiert zu erfahren, dass ausgerechnet der Sohn Satans ein Exorzist werden will. Dennoch beginnt er von nun an mit seiner Ausbildung an der neuen Schule, wo sich sein Bruder Yukio als einer der Lehrer entpuppt.